Родился 7 июня 1918 года в деревне Свистуново (ныне Клинский район Московской области). В 1936 году окончил 7 классов, в 1937 году школу фабрично-заводского ученичества (ФЗУ). Вскоре переехал в город Клин. С 10 января 1939 года в рядах Красной Армии, призван Клинским РВК. В ноябре 1939 года окончил Борисоглебскую военную авиационную школу пилотов. Служил младшим лётчиком в 27-м ИАП ВВС Московского военного округа.

С 13 октября 1941 года младший лейтенант М. Д. Кукушкин в действующей армии. Воевал в 436-м ИАП, где прошёл путь от старшего лётчика до командира звена. Боевую работу начал в составе Московской зоны ПВО (6-я ИАК ПВО), летая на Як-1. С 18 января 1942 года полк находился в оперативном подчинении генерал-майора авиации Л. А. Горбацевича, осуществляя прикрытие 1-го Гвардейского кавалерийского корпуса генерал-майора П. А. Белова на Западном фронте, летая уже на И-16. В одном из боёв получил ранение осколками снаряда в грудную клетку и левую ногу. С 4 февраля по 18 марта 1942 года сражался на Калининском фронте (в составе ВВС 31-й Армии). С 27 марта по 22 мая 1942 года переучивался на английские истребители "Харрикейн" (в 22-м ЗИАП ВВС Московского военного округа, город Иваново). С 1 июня 1942 года приступил к боевой работе на Западном фронте (в составе 235-й ИАД, 1-я Воздушная армия). 12 июня 1942 года полк был передан в состав 8-й Воздушной армии Юго-Западного фронта, а 12 июля 1942 года - вошёл в состав войск Сталинградского фронта.

24 июля 1942 года командир звена 1-й эскадрильи 436-го истребительного авиационного полка (235-я истребительная авиационная дивизия, 8-я Воздушная армия, Сталинградский фронт) лейтенант М. Д. Кукушкин погиб в воздушном бою в районе хутора Суровикино (ныне в черте города Суровикино, Волгоградская область). Похоронен в братской могиле (возле Михайло-Архангельской церкви). Всего совершил более 210 боевых вылетов (включая 18 на штурмовку и 24 на разведку), провёл более 20 воздушных боёв, сбил лично 8 и в составе группы 6 самолётов противника.

Награждён орденом Красного Знамени (15.08.1942).