Родился 13 января 1923 года в селе Гробово (ныне Балейского района Забайкальского края, входит в состав Нижнеильдиканского сельского поселения). Окончил среднюю школу. 20 мая 1940 года добровольно вступил в ряды Красной Армии, призван Балейским РВК. Окончил военную авиационную школу лётчиков. Служил на Дальнем Востоке, в составе 306-го ИАП.

С 6 сентября 1944 года младший лейтенант М. М. Мотофонов в действующей армии: в должности командира звена 306-го ИАП, летал на Як-9. С 14 января 1945 года приступил к боевой работе на 1-м Украинском фронте (в составе 181-й ИАД, 3-го ШАК, 2-й Воздушной армии), летая на Як-9. Участвовал в боях за очищение от противника Домбровского угольного района, южной части промышленного района немецкой Верхней Силезии, при прорыве обороны немцев юго-западнее Оппельна, взятие Берлина и освобождение Праги.

К 11 мая 1945 года командир звена 306-го истребительного авиационного полка (181-я истребительная авиационная дивизия, 3-й штурмовой авиационный корпус, 2-я Воздушная армия, 1-й Украинский фронт) лейтенант М. М. Мотофонов совершил 69 боевых вылетов, провёл около 15 воздушных боёв, сбил лично 7 самолётов противника и ещё 1 уничтожил на земле при штурмовке вражеского аэродрома.

После окончания войны продолжал служить в ВВС. С 12 июня 1946 года лейтенант М. М. Мотофонов - в запасе. Умер (или погиб, точной информации нет) в 1951 году.

Награждён орденами: Красного Знамени (08.03.1945, 12.05.1945), Славы 3-й степени (03.03.1945); медалями.