Родился в 1918 году на станции Браково (сельский совет "Красная Армия", Сосытскинский район Орловской области). С 1938 года в рядах Красной Армии, призван Брасовским РВК (Орловская область). Окончил военную авиационную школу лётчиков. Служил в строевых частях ВВС.

С 22 декабря 1942 года старший лейтенант М. П. Фарофонтов на фронтах Великой Отечественной войны в должности лётчика 146-го ИАП (234-я ИАД). Сражался на Воронежском, Западном и Брянском фронтах. Летал на Як-7.

31 июля 1943 года старший лётчик 2-й эскадрильи 146-го истребительного авиационного полка (7-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 2-й истребительный авиационный корпус, 15-я Воздушная армия, Брянский фронт) старший лейтенант М. П. Фарофонтов вылетел прикрытие наших войска в район Борисово - Локна, после воздушного боя с боевого задания не вернулся (пропал без вести). Всего совершил около 20 боевых вылетов, провёл более 10 воздушных боёв, сбил лично 7 и в составе группы 4 самолёта противника.

Награждён орденом Красного Знамени (29.07.1943).