Родился 30 сентября 1918 года на станции Браково (ныне сельский совет "Красная Армия", Сосытскинского района Орловской области). Окончил 8 классов средней школы, в 1936 году школу фабрично-заводского ученичества (ФЗУ). С сентября 1938 года в рядах Красной Армии, призван Брасовским РВК (Орловской области). Окончил школу младших авиационных специалистов. Служил оружейным мастером в 82-м ИАП. С 1941 года был курсантом 21-й Военной авиационной школы первоначального обучения, с 1942 года - курсант Качинской военной авиационной школы пилотов.

С 22 декабря 1942 года старший лейтенант М. П. Фарофонтов в действующей армии: в должности лётчика 146-го ИАП. Боевую работу начал на Западном фронте (в составе 234-й ИАД, 1-й Воздушной армии), летая на Як-7Б. С 26 мая 1943 года воевал на Воронежском фронте (в составе 7-й Гвардейской ИАД, 2-го ИАК, 2-й Воздушной армии), с 28 июня 1943 года - на Западном фронте (в составе 2-й Воздушной армии), с 11 июля 1943 года - на Брянском фронте (в составе 15-й Воздушной армии), продолжая летать на Як-7Б.

31 июля 1943 года старший лётчик 2-й эскадрильи 146-го истребительного авиационного полка (7-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 2-й истребительный авиационный корпус, 15-я Воздушная армия, Брянский фронт) старший лейтенант М. П. Фарофонтов вылетел прикрытие наших войска в район Борисово - Локна, после воздушного боя с боевого задания не вернулся, считается пропавшим без вести. Всего совершил около 20 боевых вылетов, провёл более 10 воздушных боёв, сбил лично 7 и в составе группы 4 самолёта противника.

Награждён орденом Красного Знамени (29.07.1943).